Qualitätsmanagement wird in der Rheuma-Liga Berlin groß geschrieben: nach Abschluss des Rezertifizierungsprozesses durch das Prüfungsunternehmen „PQSys“ (Paritätisches Qualitätssicherungssystem) behält die Rheuma-Liga Berlin das Qualitätssiegel „SQCert“. Dabei erzielte die Organisation mit 94% ein äußerst positives Ergebnis und konnte sich in vielen Kategorien im Vergleich zur letzten Prüfung steigern. Seit 2011 ist die Rheuma-Liga Berlin Trägerin des Qualitätssiegels, das die Aktivitäten zur Verbesserung der Organisation bewertet.